3 سال پیش
ابزار محاسباتی جدیدی برای تشخیص سلول های سرطانی از سلول های عادی
به گزارش ایسنا و به نقل از ساینسدیلی، پژوهشگران "مرکز سرطان ام.دی. اندرسون دانشگاه تگزاس"(MD Anderson Cancer Center) در تلاش برای برطرف کردن یک چالش بزرگ هنگام تحلیل پایگاه دادههای توالی آرانای، یک روش محاسباتی جدید برای تمایز قائل شدن میان دادههای به دست آمده از سلولهای سرطانی و بسیاری از سلولهای عادی که در میان نمونههای تومور یافت میشوند، ابداع کردهاند.
این ابزار جدید موسوم به "CopyKAT" به پژوهشگران امکان میدهد تا دادههای پیچیده به دست آمده از آزمایشهای توالی آرانای را که دادههای بیان ژن هزاران سلول را منتقل میکنند، سادهتر مورد بررسی قرار دهند.
"نیکلاس ناوین"(Nicholas Navin)، از پژوهشگران این پروژه گفت: CopyKAT، از دادههای بیان ژن برای بررسی وجود کروموزومهای غیرعادی استفاده میکند که در بیشتر سرطانها وجود دارند. همچنین این ابزار، به شناسایی زیرمجموعهها یا کلونهای متمایز در سلولهای سرطانی کمک میکند.
وی افزود: ما CopyKAT را به عنوان ابزاری ابداع کردهایم که اطلاعات ژنتیکی را از دادههای مربوط به رونویسی ژنتیکی استنباط میکند. ما با به کارگیری این ابزار در چندین پایگاه داده، نشان دادیم که میتوانیم سلولهای سرطانی را با حدود ۹۹ درصد دقت در یک نمونه ترکیب شده از تومور شناسایی کنیم. ما سپس گامی فراتر گذاشتیم تا زیرمجموعههای موجود را کشف کنیم و به درک تفاوتهای ژنتیکی میان آنها بپردازیم.
ناوین ادامه داد: تمایز قائل شدن میان سلولهای سرطانی و سلولهای عادی بدون یک روش محاسباتی قابل اطمینان، ساده نیست.
"رولی گائو"(Ruli Gao)، استادیار "موسسه پژوهشی هیوستون متودیست"(Houston Methodist Research Institute)، الگوریتمهای CopyKAT را ابداع کرد که با افزایش دقت و تنظیم کردن جدیدترین نسل از دادههای توالی آرانای، روشهای قدیمیتر را بهبود میبخشند.
این گروه پژوهشی ابتدا ابزار خود را به واسطه مقایسه نتایج با دادههای توالی کل ژنوم محک زدند که دقت بالا را در پیشبینی تغییرات تعداد رونوشتها نشان داد. پژوهشگران نشان دادند که CopyKAT در تشخیص سلولهای تومور از سلولهای عادی در نمونههای ترکیب شده، دقیق است.
این گروه پژوهشی در تجزیه و تحلیل نمونهها نشان دادند که ابزار آنها در شناسایی زیرمجموعههای سلولهای سرطانی درون تومور، موثر است. آنها این نتایج را در آزمایش روی سرطان پستان سهگانه منفی تایید کردند.
گائو گفت: ما با استفاده از CopyKAT توانستیم زیرمجموعههای نادری را در سرطانهای پستان سهگانه منفی شناسایی کنیم. ما امیدواریم که این ابزار برای جامعه پژوهشی مفید باشد تا به اکتشافات جدیدی در حوزه سرطان بپردازند.
این ابزار، به صورت رایگان در اختیار پژوهشگران قرار دارد. به گفته پژوهشگران، CopyKAT، برای پژوهش در مورد همه انواع سرطان کاربرد ندارد؛ برای مثال نمیتوان از آن برای بررسی سرطانهای کودکان و سرطان خون استفاده کرد.
این پژوهش، در میان "Nature Biotechnology" به چاپ رسید.
#پزشکی منبع: بیتوته
بیشتر...
تبلیغات
تبلیغات
مطالب مرتبط
در حالی که پورنوگرافی و افسردگی ممکن است مرتبط به نظر نرسند، تحقیقات نشان میدهد که این دو موضوع میتوانند بیشتر از آنچه فکر میکنید، به یکدیگر ربط داشته باشند.
3 روز پیش
در حالی که فراموش کردن برخی موارد یک امر طبیعی در زندگی روزمره است، با کمی تلاش میتوانید از این اتفاق پیشگیری و حافظه خود را مدیریت کنید. مهارتها و عاداتی وجود دارد که میتوانید برای تقویت توانایی خود در به خاطر سپردن اطلاعات آنها را اتخاذ کنید.
4 روز پیش
بسیاری از ما این توصیه معروف مبنی بر «شمارش گوسفند» برای مقابله با بیخوابی را در کودکی یا بزرگسالی شنیدهایم. برای عدهای از ما نیز ممکن است این سوال پیش آمده باشد که چرا چنین توصیهای مطرح میشود و یا ریشه آن به کجا بر میگردد؟ به عنوان مثال چرا به جای گوسفند توصیه به شمارش دیگر حیوانات مانند اسب، گاو و خرگوش صورت نمیگیرد؟
2 روز پیش
طبق تحقیقات علمی، روزه گرفتن برای سلامتی فواید متعددی از جمله کاهش وزن، کنترل قند خون و طول عمر را به همراه دارد.
4 روز پیش
ممکن است به دلایل مختلف، از جمله مشکلات در استفاده از کنترل بارداری و ترجیحات شخصی، بخواهید رابطه جنسی محافظت نشده داشته باشید؛ با این حال، قبل از انجام فعالیت های جنسی محافظت نشده، درک خطرات و عوارض سلامتی مرتبط با آن بسیار مهم است.
3 روز پیش
تحقیقی که به نحوه واکنش سیستم ایمنی بدن به هوای گرم پرداخته است، بینش جدیدی را در مورد آنچه که هنگام افزایش جیوه رخ میدهد، ارائه میکند.
22 ساعت پیش
ک مشاور خانواده با تاکید بر اینکه برخی افراد تصور دارند میتوانند بعد از ازدواج همسرشان را تغییر دهند و بیتوجه به ناهمسانیهایشان دست به انتخاب میزنند، گفت: این درحالیست که افراد هرگز نمیتوانند کسی را تغییر دهند زیرا وقتی فرد احساس کند میخواهند رفتار او را تغییر دهند، در آنها ادراک کنترل شدن شکل میگیرد و مضطرب خواهند شد که به دنبال اضطراب، سازوکارهای دفاعی فرد به گونهای ناخودآگاه فعال میشوند و به صورت جدی در مقابل تغییر مقاومت خواهند کرد.
6 روز پیش
زمانی فرا می رسد که به نظر می رسد ناچار به مصرف آنتی بیوتیک ها بشویم. اما درک این نکته ضروری است که آنها فقط به درمان عفونتهای باکتریایی مانند گلودرد استرپتوکوکی و عفونتهای دستگاه ادراری (UTIs) کمک میکنند و نباید برای سایر انواع بیماریها، مانند عفونتهای ویروسی، سرخود استفاده شوند.
2 روز پیش
مدیر کل دفتر توسعه گردشگر داخلی به معرفی مسیر مناسب برای سفر در فصل بهار که کمتر مورد توجه قرار میگیرد، پرداخت و گفت: با انتخاب جادههای جذاب میتوانیم از جاذبههای مسیر نیز استفاده کنیم.
2 روز پیش
بیشتر...